Tente executar o Notepad ++ como administrador. Se você usa vários usuários no sistema, talvez também queira verificar qual usuário está executando o aplicativo. Taskkill pode ser instável com alguns aplicativos em execução com base em quem os lançou. O modo de administração pode, às vezes, superar isso, embora eu não saiba ao certo como o plugin NppExec realmente lança coisas.