Isso irá absolutamente interromper e reiniciar! Sempre há processos sendo executados em computadores, portanto, todos eles são interrompidos sem cuidado no mundo. A solução alternativa é adicionar 2 linhas ao seu arquivo de lote para desativar temporariamente o serviço de atualização.
net stop "windows update" (no início do lote) net start “windows update” (no final do lote)