So can I safely delete the c:\inetpub folder ?
A pasta não contém arquivos do sistema. Se você quiser excluí-lo, fique à vontade, apenas certifique-se de verificar se ele não contém nada que você realmente deseja manter. Gostaria de salientar que, a menos que você desative o IIS e / ou reconfigure o IIS, o IIS simplesmente criará a pasta novamente.
O que você deve fazer é modificar o conteúdo de
%windir%\system32\inetsrv\config\applicationhost.config
e simplesmente faça as modificações necessárias para que o caminho desejado seja usado.