Parece que você pode usar um cano. Exemplo usando cat
como substituto do seu gerador TGA:
cat *.tga | ffmpeg -y -f image2pipe -c:v targa -pixel_format bgr24 -video_size 320x240 -framerate 24 -frame_size 38781 -i - output.mkv
Infelizmente você terá que saber o tamanho, em bytes, de cada frame antes do tempo devido à falta de um analisador TARGA como mencionado em FFmpeg Bug # 3614: Targa não funciona com image2pipe . Eu estou supondo que cada quadro será do mesmo tamanho, então faça um teste para obter o valor adequado.