Não, aqui está o porquê.
Partes do registro vivem em lugares diferentes. c: \ windows \ system32 \ config
No entanto, cada instalação precisará ter cópias exclusivas separadas do registro.
Também na pasta users está o arquivo NTUSER.DAT, que é outro conjunto de entradas de registro.
Portanto, você instalará um aplicativo em c: \ windows e c: \ windows10-2 e os arquivos de registro do núcleo serão diferentes. Qualquer instalador de programa é usado, ele irá instalar entradas de registro no sistema operacional atual, e o outro.
Também devido a SIDs de usuários únicos, isso causará mais problemas.
Eu não sei se o Windows vai mesmo permitir que você symlink arquivos de registro do núcleo. Meus documentos e a outra subpasta serão links simbólicos facilmente.
Também a permissão de arquivo NTFS pode adicionar uma camada adicional de complexidade à situação.
Você pode ter sucesso na junção dos arquivos, mas o resultado final será nigtmare para manter em sincronia.