Sim, o WUBI instala o Ubuntu dentro do sistema de arquivos do Windows e apenas altera o gerenciador de inicialização do Windows.
A maioria das pessoas considera que uma instalação da WUBI é mais lenta do que uma instalação adequada (onde a partição do Windows é removida ou redimensionada) porque ela precisa contar com o sistema de arquivos do Windows para funcionar. Se você se dá bem com uma instalação WUBI, pode querer considerar uma instalação de inicialização dupla adequada.