Para redirecionar a saída de erro do comando para o seu arquivo de log, junto com qualquer saída padrão, anexe >>logfile.txt 2>>&1
ao seu comando, assim:
yourcommand.exe >>logfile.txt 2>>&1
A sintaxe 2>>&1
é necessária para "combinar" os fluxos StdOut e SteErr para redirecionamento para o arquivo de log.