Não diretamente. Use ffmpeg de direct264, uma versão modificada de uma construção antiga do ffmpeg com um filtro personalizado para modificar fluxos de bits H264 .
ffmpeg -i in.mkv -vcodec copy -acodec copy -vbsf h264_changesps=level=40 out.mkv
É claro que tudo isso altera alguns trechos no fluxo de vídeo. Como você está diminuindo o nível, seu outro decodificador pode não reproduzir este vídeo sem problemas.
Esta compilação é prejudicada da maioria das outras formas, por isso renomeie-a ou não a coloque no seu caminho.