Eu recomendaria usar a ferramenta compiz-config. Você pode desativar a maioria das animações no seu Ubuntu usando-o. Mas esteja ciente! Você pode acabar com o Unity desativado, se fizer algo errado!
Para instalar, abra o terminal e digite:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Em seguida, execute-o no painel. Você não pode desabilitar todas as animações, mas você notará que há muito menos delas. Espero que tenha sido útil.