O ponto crucial parece ser a primeira ocultação recursiva da sua pasta de destino e como o último passo que a mostra.
Então é melhor primeiro esconder tudo dentro da pasta e abaixo e apenas revelar os itens desejados.
@ECHO OFF
cls
title Hide everything but useful shortcuts and program files
attrib +h "%CD:~0,3%Fix It Files\*" /S /D
attrib -h "%CD:~0,3%Fix It Files\Program Files" /S /D
attrib -h "%CD:~0,3%Fix It Files\%CD:~0,1% Shortcuts" /S /D
exit