Eu realmente não tentei isso, mas lendo vários livros do Ubuntu e Linux, posso dizer:
Você deve ser capaz de usar uma partição compartilhada / home nas distribuições do Ubuntu, desde que sua senha de login seja a mesma em ambos instalações.
Além disso, recomendo que você mova seu diretório pessoal para sua própria partição, caso não tenha espaço ou compartilhe-o com outra distribuição do Linux.
Além disso, eu recomendaria o uso do eCryptfs, pois ele orienta você pelas etapas necessárias para criar um diretório criptografado privado e seguro.
Para instalar o eCryptfs, apenas pressione Ctrl + Alt + T no seu teclado para abrir o Terminal. Quando se abre, execute os comandos abaixo:
sudo apt-get install ecryptfs-utils
Ou você pode baixá-lo aqui .
Para obter informações e exemplos que podem ajudar você a conseguir isso, clique em aqui para mais detalhes. Espero que isso possa ajudar.