Descobri que isso é um problema para mim causado pela criação de arquivos de log.
logrotate é executado como parte de cron.daily , que por padrão é executado às 6:25, o que é bastante possível que sua máquina nunca esteja ligada no momento.
Então eu começaria verificando o uso do disco /var/log .
Se for isso, você pode corrigi-lo editando /etc/crontab e alterando-o para executar cron.daily às 9:25 (ou quando você souber que sua máquina está sempre ligada).
Existe um aplicativo chamado "Disk Usage Analyzer" instalado por padrão. Use isso em todo o sistema de arquivos.