Sim, tudo bem.
Ter um SSD é um bônus, mas tanto ele quanto a CPU geram calor. Além do seu subsistema gráfico, esp sob carga pesada.
A principal preocupação é que ter o topo fechado pode impedir o fluxo de ar que deve entrar através de defletores sobre o teclado ou ao redor dele.
Além disso, seu ventilador terá uma saída na borda lateral em algum lugar que não deve ser bloqueada.
Uma regra geral que uso é que, se o computador estiver operando a uma temperatura que você não estaria confortável consigo mesmo, então está muito quente.
Eu estou fazendo algo muito semelhante, e a única concessão que tive que fazer é manter a tampa rachada um pouco para o fluxo de ar e manter o lado esquerdo livre para o fluxo de saída.