Quais são as suas taxas de leitura / gravação? Quanto de um aumento você está olhando para ganhar? Você provavelmente não obterá esse muito aumento de desfragmentação.
O tempo necessário para desfragmentar seus dados dependerá muito da taxa de fragmentação, quantidade de arquivos e velocidades de leitura / gravação do seu disco e outros fatores de velocidade do seu hardware. 8h deve ser o suficiente, mas só posso adivinhar.
A fragmentação é sempre um problema, mas o ext2 / 3/4 reserva algum espaço para garantir que eles possam gravar dados de uma só vez, em vez de sempre ter que espalhá-los. Você pode verificar quanto espaço está reservado com tune2fs -l /dev/<your device> | grep -i reserve . Reduzir a quantidade reservada provavelmente aumentará a fragmentação ao longo do tempo, enquanto o aumento do valor reservado provavelmente não ajudará a diminuir ainda mais a fragmentação.
Se você precisar aumentar sua leitura / gravação, talvez operar em um ramdrive ajudará em situações em que você não tem muitos dados, mas muitos arquivos pequenos. Além disso, você pode querer verificar os SSDs para aumentar sua r / w.
Além disso, consulte esta resposta para obter informações sobre fragmentação.