Os comandos start , stop , restart , etc., são links para initctl e funcionam apenas para tarefas iniciantes.
Chamar diretamente o script em /etc/init.d/ dará um aviso para trabalhos iniciantes, para os quais o uso do script é permitido por conveniência, por meio de um script comum vinculado a um wrapper.
A chamada do comando service sempre funciona, tanto para tarefas iniciantes quanto para scripts tradicionais de init sysv, portanto, é o modo preferido.