Como mencionado por fixer1234, isso provavelmente tem a ver com fins de linha no Linux versus Windows. Depende do que o arquivo está preparado. Há várias questões sobre estouro de pilha e outros sites perguntando como corrigir isso. Eu imagino, se você salvar o arquivo no windows, e então enviá-lo de volta para o linux, e abri-lo no vi, você verá também caracteres estranhos nesse final (^ M no final das linhas).
Sem mais detalhes sobre o que você está vendo, não posso dizer como corrigi-lo, mas há alguns exemplos de como corrigi-lo de um lado ou de outro aqui ou aqui
Se você fornecer um exemplo detalhado do que está acontecendo, posso dar um exemplo muito mais claro sobre como corrigir seu problema.