Para aqueles curiosos: Tenho certeza que encontrei a causa e uma espécie de solução para isso.
O Asus Z97-WS possui as 16 pistas PCIe do meu i7-4790k. Mas o chip extensor também "tem 16 pistas PCIe". O que ele faz, é pegar as 16 pistas reais e trocá-las entre os dois gpus.
Eu entrei no BIOS e configurei meu GPU secundário para o Gen3 x8, então ele basicamente muda pela metade. Alguns podem dizer, basta definir ambas as GPUs para x8 e você é bom. Eu escolhi ter minha execução principal em x16 e a secundária apenas cortando aqui e ali, porque ela é usada apenas para renderização ou assistir ocasionalmente a vídeos do YouTube.
Isso pode não se aplicar a muitas pessoas, pois é uma placa de 300 + $, mas você nunca sabe.