Com as configurações de PreferExternalManifest
ativadas, o arquivo de manifesto incluído no exe é ignorado. Agora o manifesto auto criado é usado. Aqui esta linha
<ms_windowsSettings:dpiAware
xmlns:ms_windowsSettings="http://schemas.microsoft.com/SMI/2005/WindowsSettings">
false
</ms_windowsSettings:dpiAware>
informa ao Windows que o programa não está ciente de DPI e que o Windows aplicará a virtualização de DPI (escala de bitmap fora de foco).
Uma maneira mais fácil é ativar uma configuração de registro
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Image File Execution Options\PROGRAMNAME.exe]
"dpiAwareness"=dword:00000000
para cada programa que você deseja "corrigir".