O comando para remover um repositório apt é apt-add-repository
com a opção -r
que será removida em vez de adicionar o repositório. Então, no seu caso, o comando completo seria:
sudo add-apt-repository -r ppa:colingille/freshlight
A outra opção é procurar em /etc/apt/sources.list
e /etc/apt/sources.d/
e removê-lo de lá.