Quando você abrir o pen drive pressione CTRL + H ou através do menu Visualizar > Mostrar arquivos ocultos , a pasta oculta deve aparecer .Trash-1000
ou similar. Excluir esta pasta como arquivo normal, você será solicitado com perguntar "Remover permanentemente?", Pressione o botão Excluir. Ou apague esta pasta selecionando-a e pressionando Shift + Del .