Use o comando REG
@echo off
REG ADD "HKCU\Software\Microsoft\Terminal Server Client" /ve /f /d "string data"
Para ativar as alterações do registro em HKEY_CURRENT_USER sem efetuar logoff, você pode adicionar o seguinte comando:
RUNDLL32.EXE USER32.DLL,UpdatePerUserSystemParameters,1,True
Você pode ler mais sobre como usar reg
aqui