Você pode criar um arquivo de lote com
start /affinity 1 PATH_TO_EXE.exe
Basta ligar para esse arquivo em lote no seu shotcut. Isso será executado somente com a CPU 0. Altere a máscara de afinidade (esse é o valor hexadecimal) para mais núcleos.
CPU3 CPU2 CPU1 CPU0 Bin Hex
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OFF OFF OFF ON = 0001 = 1
OFF OFF ON OFF = 0010 = 2
OFF OFF ON ON = 0011 = 3
OFF ON OFF OFF = 0100 = 4
OFF ON OFF ON = 0101 = 5
OFF ON ON OFF = 0110 = 6
OFF ON ON ON = 0111 = 7
ON OFF OFF OFF = 1000 = 8
ON OFF OFF ON = 1001 = 9
ON OFF ON OFF = 1010 = A
ON OFF ON ON = 1011 = B
ON ON OFF OFF = 1100 = C
ON ON OFF ON = 1101 = D
ON ON ON OFF = 1110 = E
ON ON ON ON = 1111 = F
(Obrigado ao @Mokubai por apontar isso)
Como alternativa, crie um atalho para
C:\Windows\System32\cmd.exe /c start /affinity 1 PATH_TO_EXE.exe