Eu tenho o mesmo problema, mas tenho uma conta com layout qwerty tcheco e outra com layout tcheco qwertz.
A única solução que encontrei é mudar para a tela de login (WIN + L) e, em seguida, acessar sua conta novamente. Depois disso, o layout do teclado está definido corretamente. Houve um atalho de trabalho CTRL + SHIFT que alterou os layouts de teclado, mesmo que você tenha apenas um em sua conta (e diferente em outro). Mas isso não funciona para mim agora depois de algumas atualizações do Windows.