Eu não posso voltar para o Visio 2000, o mais antigo que eu ainda tenho ativo é o Visio 2003 e isso não mostra o mesmo problema.
No entanto, posso dizer-lhe uma maneira de contornar o problema.
Desenhe uma caixa ao redor de todas as formas deixando uma margem adequada. Formate este formato de caixa como Sem preenchimento e defina a cor da linha como cinza muito claro, para que fique visível (mas visível o suficiente para que você saiba que está lá). Agora salve o seu GIF.