Você não pode fazer isso com janelas divididas, já que as janelas não estão conectadas ao tipo de arquivo - destaque, recuo e assim por diante. Eles são layouts diferentes para visualizar o mesmo conteúdo.
Eu entendo o seu problema, e é por isso que escrevi um plugin há algum tempo para fazer algo sobre isso. Não é uma solução ideal, mas pode ser o suficiente: link .
O plugin permite que você use uma combinação de teclas para abrir o javascript em um buffer separado, que espelha o original - todas as alterações no buffer do javascript atualizam o buffer original.