Quando você apaga uma linha (por exemplo, 15), a próxima linha (originalmente 16) passa a ser a linha 15. Então você aumenta i para 16 (que é o 17 original) e, portanto, pula o original 16. Então, a qualquer momento você tem duas linhas consecutivas para excluir, você perderá a segunda. Uma solução é adicionar i = i - 1 depois de excluir uma linha. Em seguida, o loop for incrementará de volta para onde você precisa estar.