Opção 1:
Exclua as pastas ~/.config/vlc e ~/.cache/vlc .
Para isso, execute: rm -r ~/.config/vlc ~/.cache/vlc
Observação : versões antigas do VLC tinham os dados armazenados em ~/.vlc
Opção 2:
Executar: vlc --reset-config
Opção 3:
Abra o VLC - > Tools - > Preferences - > Reset Preferences