-@
diz ao zip para ler a lista de arquivos a serem arquivados no stdin. Você pode usar o comando find
para listar os arquivos desejados e direcioná-los para o zip.
por exemplo, no seu diretório pessoal, execute:
( find . -type f -maxdepth 1 ; find Documents ) | zip backup.zip -@
O primeiro achado lista os arquivos de nível superior no diretório atual, o segundo lista tudo em Documentos recursivamente.