Respondendo a minha própria pergunta: sim, isso é por causa do USB e isso pode ser curado. Pelo menos no meu caso.
O que ajudou é uma excelente ferramenta gratuita Visualizador de dispositivos USB que mostrava todos os dispositivos do sistema registrados, ativos e desconectados. Como a maioria dos dispositivos USB são plug-and-play, normalmente é permitido excluí-los do registro do Windows (não apenas desativar, excluir). Fiz isso deixando apenas mouse e teclado, reiniciei minha máquina e depois de re-conectar dispositivos USB todos os meus instrumentos MIDI funcionaram bem e o Gerenciador de Dispositivos parou de piscar tentando instalar um novo dispositivo.