Eu encontrei um ótimo programa aqui:
Lote o formato 3D .X para o formato .X
Este programa permite ao usuário selecionar uma pasta contendo e, em seguida, iterará todos os arquivos a serem convertidos e os converterá no formato desejado!
não é perfeito, causa alguns buracos na malha, mas estes são menores para mim.
Agora eu tenho todos os meus .objs!
problema resolvido.
Limpo!