Dê uma olhada na tribuna portuária do Linux distro .
Parece cobrir todas as áreas de preocupação que você tem. Ele inclui uma lista de permissões do website para que você possa bloquear as coisas em apenas um site.
Existem outras opções, mas em termos de custo inicial (é gratuito) e tempo de configuração é, de longe, a melhor opção que já vi