Confirmo que obtenho o mesmo resultado com o Inscape 0.92 no Linux e visualizo com o okular. O texto é (parece) descartado como não sendo visível a todos. Esta pode ser uma opção de otimização (elementos completamente ocultos normalmente não têm propósito em PDF, eles fazem em SVG)
Dito isso, a menos que seu histórico seja muito uniforme, você pode usar uma opacidade de 1% ou um valor alfa de 1/255. Então será mantido.