Se a sua placa ainda não tiver um conversor de energia nominal de 12v, você poderá usar o que é conhecido como fonte de alimentação DC-DC. Alguns estão disponíveis aqui:
Eles destinam-se a converter uma potência nominal de 12v genérica em energia consistente de 12v, 5v e 3,3v para computadores. Aplicações comuns são computadores de carro, onde a tensão da fonte pode ser de 10 a 15 VCC e ser variável e um tanto barulhenta em condições normais.
Como você mencionou, algumas placas mini ITX já possuem este circuito na própria placa e aceitam uma única entrada de 12v. Se você estiver usando um desses e preocupado com a estabilidade ou tensão de entrada que está sendo muito alta, você pode usar um simples regulador de tensão de 12v.