Ok. Eu fiz a opção drástica.
Fiz uma instalação limpa, instalei alguns drivers (aqueles que o Windows não instalou), fiz algumas reinicializações e o processo do sistema não engole mais um dos meus threads.
Então, eu diria que as coisas voltaram ao normal. Ainda não tenho ideia do que causa isso, passei dois dias tentando solucionar o problema.
Pode ser causado por uma atualização do Windows, mas ainda não estou claro.