Contanto que você instale kernels oficiais lançados pela Canonical, tudo está ok e você deve fazer todas essas atualizações porque elas dizem respeito principalmente à segurança do seu sistema. O fato de o kernel antigo não ser removido oferece a oportunidade de reinicializá-lo e usá-lo caso algo não funcione como deveria com o atualizado.
Uma coisa que você não deve fazer é usar kernels tradicionais no Ubuntu. Eles não estão bem ajustados para o sistema operacional e não possuem todos os drivers lançados pela Canonical e estão contidos no pacote linux-image-extra .