No Bash:
sed -i 's/<a href.*\">/\L&/' file.txt
No VIM:
:%s/<a href.*\">/\L&/
Eu não tinha certeza se você queria apenas que o FQDN fosse alterado, ou a URL inteira, ou se cada âncora estivesse em uma linha própria, isso deveria cobrir qualquer situação. Isso só vai mudar o URL ancorado e não o texto âncora (eu estou supondo que é o que você está pedindo)
Editar:
Se você deseja aplicar isso a vários arquivos em pastas diferentes, cd
ao diretório base que possui todos os arquivos e subpastas com arquivos que deseja editar e execute o seguinte comando:
find . -type f -name "*.html" | while read line; do sed -i 's/<a href.*\">/\L&/' $line; done
Isso irá procurar por quaisquer arquivos em seu diretório atual (aquele para o qual você deve ter cd
ed) e subdiretórios que terminem com .html e executarão o comando sed supracitado. (ajuste a extensão do arquivo como achar melhor).