Eu acho que você já classificou isso dos comentários, mas a solução para isso para os futuros visitantes é desativar o "kill ssh-agent with conemu" em configurações- > recursos.
isso parece estar ativado em uma nova instalação no conemu.
Estou usando o cmder (ConEmu) como meu terminal. Meu shell padrão é zsh. Eu tentei o plugin do ssh-agent para zsh, eu tentei o keychain e tentei iniciar o ssh-agent manualmente. Não importa o que eu faça, o processo ssh-agent termina quando eu fecho a janela do console.
Não tenho certeza se esse é o comportamento esperado ou não, mas quero mantê-lo em funcionamento assim que for iniciado. O que poderia estar errado?