Eu pularia a partição, pelo menos no Windows. Quando uma partição é corrompida no Windows, geralmente é porque a unidade inteira está falhando ou devido a uma tabela de partição quebrada, a última pode ser causada por uma operação de repartição com falha.
Em geral, os dois comentários estão alinhados com o que estou pensando: uma repartição bem-sucedida não é muito útil e adiciona mais trabalho, enquanto uma repartição com falha pode interromper toda a instalação.
TL; DR: Não vale a pena.