Eles são diferentes:
/tmp é montado desde a inicialização e limpo entre as reinicializações.
/var/tmp pode estar indisponível durante a inicialização se /var for um ponto de montagem. Não é limpo entre as reinicializações.
O CentOS 6 tem um utilitário chamado tmpwatch . Ele está sendo executado diariamente (no momento em que cron.daily é chamado) do script chamado /etc/cron.daily/tmpwatch . Exclui um arquivo se o atime (tempo do último acesso) estiver há mais de 10 dias.
No CentOS 7 é diferente porque usa systemd-tmpfiles-clean.timer .