Você pode precisar excluir seus arquivos .msf depois de fazer o backup do seu perfil. Detalhes estão aqui: link
Em resumo, "Primeiro faça backup do seu perfil - link , mas não compacte as pastas conforme recomendado nesse link. Feche o Thunderbird e navegue até a sua pasta de perfil ( link ). Encontre os arquivos com a extensão msf, como Inbox.msf. Observe que haverá conjuntos de dois arquivos com o nome, mas apenas um deles terá a extensão MSF. Exclua os arquivos com a extensão MSF. Reinicie o Thunderbird, compacte todas as pastas e veja se as coisas estão de volta ao normal. Observe que os arquivos MSF NÃO contêm suas mensagens. Eles são, por falta de um termo melhor, um arquivo de índice e serão recriados pelo Thunderbird conforme necessário. "