Sim, há extundelete , que deve ser capaz de recuperar a estrutura de diretório e os nomes de arquivos, além do conteúdo do arquivo.
No Ubuntu, instale-o com sudo apt-get install extundelete
e execute-o com algo como
sudo extundelete --restore-directory /home/deletedhomedirectory/ /dev/sda1
( /dev/sda1
é a partição onde os dados apagados estavam, note que ele precisa ser desmontado, o que pode significar que você precisa usar um ambiente ao vivo (rodando a partir de DVD ou USB) Veja esta pergunta no AskUbuntu para mais detalhes.