Na verdade, o BIOS ignora o bit de partição "ativo". O que o BIOS faz é verificar a assinatura mágica (0x55AA) nos 511th e 512 bytes do disco. Se isso for encontrado, o BIOS executa o código no MBR.
O comportamento típico do MBR é verificar a tabela de partições do primeiro disco e executar o sistema operacional que está na primeira partição marcada como ativa. Isso significa que as informações da tabela de partição para essa partição têm o bit "ativo" definido para um valor de 1.
No entanto, se isso é realmente o que acontece, ou não, depende do código no MBR. As instruções do BIOS já passaram o controle para as instruções do MBR naquele momento. Portanto, as instruções de inicialização do BIOS já estão concluídas até o momento.
É possível definir o bit "ativo" como 1 para várias partições. Com muitos programas FDISK, quando você define o bit "ativo" de uma partição, ele desmarca o bit "ativo" das outras partições. Isso é bem comum. No entanto, o fdisk do OpenBSD é uma exceção conhecida. Então, é possível ter várias partições ativas em um disco. O comportamento típico, suportado por alguns dos códigos mais comuns instalados em muitos MBRs (usando código incluído em muitos sistemas operacionais populares), simplesmente usa a primeira partição ativa no primeiro disco.
A inicialização de um sistema operacional no segundo disco é completamente incompatível com o código embutido nos MBRs criados por muitos sistemas operacionais populares. Em teoria, isso pode ser feito. (Eu acho que o gerenciador de boot do Ranish Partition Manager suportaria isso, e talvez XFDisk e GAG.) No entanto, mesmo que o código embutido no MBR suporte isso, alguns sistemas operacionais (talvez especialmente DOS) não suportarão isso. Por nenhuma razão realmente convincente (como uma limitação tecnicamente impossível), a realidade é que muitos códigos antigos / tradicionais simplesmente não suportam esse recurso.