Se você usar bash , poderá usar Substituição de comando :
mr config:set 'design/head/meta_version_tag' $(date +%s)
Isso primeiro executará date +%s em uma subshell e incluirá a saída como uma string, consulte man bash em EXPANSION / Command Substitution:
Bash realiza a expansão executando
commande substituindo a substituição de comando com a saída padrão do comando, com qualquer novas linhas finais eliminadas.
Não há necessidade de citar a substituição de comando (como você faria normalmente) nesse caso, pois a saída de date +%s não possui espaços em branco.