Existem 2 candidatos prováveis -
O Disco Rígido (que eu reconheço que você já diz que está funcionando corretamente - ele ainda pode estar com defeito - verifique se a luz do disco rígido está acesa quando o problema está ocorrendo). Ele também pode estar cheio - quando os discos rígidos passam dos 80%, eles começam a desacelerar, marcadamente depois de 90%
Pode ser que o seu dissipador de calor não esteja devidamente conectado à sua CPU, e sua CPU está ficando quente e acelerando. Você pode querer testar a CPU e ver quão rápido ela é executada e / ou monitorar as taxas de clock nela.