Parece que o problema é que você está redirecionando a saída do script python para a mesma variável que o loop while está criando. Mais do que provavelmente você está querendo salvar isso possivelmente em um arquivo para referência futura. Então, provavelmente, apenas deseja criar uma variável para salvar a saída no disco.
#!/usr/bin/bash
list="$1"
while read -r line ;do
output="scan_${line}.txt"
echo " processing $line "
nmap -sV -p- $line -oN - | python nmaptocsv.py > ${output}
done < "$list"