Under the old C: drive, under Users\Administrator, I could see all the default Document folders. But according to my girlfriend, quite a few documents are missing.
Você marcou C: \ Users \ Public? Todo mundo sempre se esquece de que :-) Além disso, alguns programas salvam seus dados de usuário em sua pasta de programa. Você mencionou arquitetura. Versões antigas de software de desenho / engenharia são notórias por isso.
I right-clicked the user profile folder and hit properties. I found that the total disk space used by this folder is much bigger than all the visible files and directories added up together.
Isso é normal. Há sempre um desacordo entre o tamanho total informado pelo Explorer e a soma de todos os arquivos. Apenas lembre-se de ter arquivos ocultos / do sistema mostrando (eles estão ocultos por padrão).
While copying the "Administrator" folder it is asking me the for permission to copy files with some weird username prefix.
Isso também é normal. Os arquivos são NTUSER.DAT e USRCLASS.DAT (juntamente com seus arquivos de backup e log associados, que possuem extensões longas e estranhas.
I tried to boot the OS from the old hard drive by selecting the USB boot option from my BIOS. The OS starts with Windows 10, but still I could not see all the files that mentioned by my girlfriend under C:\Users
Você provavelmente tem o Windows 10 na máquina em que você o conectou. O Windows 10 não pode inicializar a partir do USB por padrão. Existem hacks de registro que devem ser feitos.
Para encontrar os arquivos ausentes, descubra qual extensão eles têm e faça uma pesquisa por eles. Mas, como eu disse, verifique C: \ Users \ Public e a pasta de instalação do programa.