If I clone this drive and then reinstall windows, will I be able to restore the HD using the clone without causing it to have the same problems?
Se você clonar uma unidade, tudo o que você está fazendo é fazer uma cópia exata da unidade. Cada bit de dados que estava na versão anterior estará na próxima unidade.
Então, isso não vai funcionar e causará o mesmo problema.
É ótimo poder acessar seus arquivos através do linux, então minha sugestão é fazer o backup de seus dados e reinstalar as janelas com uma nova cópia e depois mover seus dados de volta.