A Microsoft só recentemente começou a expandir sua API do Skype for Business (a maior parte ainda é rotulada como beta). A menos que o Instabird implemente alguma dessas interfaces, ele não poderá usar o Skype for Business como servidor. Atualmente, os únicos exemplos que vi usando a API são os clientes de bate-papo baseados na Web, nenhum dos quais eu vi na produção.
Até onde eu sei, não há clientes de mensagens instantâneas de terceiros no mercado que trabalham com o SFB. O protocolo Skype também é proprietário - o que provavelmente é a razão pela qual não há clientes.