Eu uso o GIMP no Linux, mas olhando para suas configurações, você pode querer se livrar da camada de transparência (se não for necessário para a imagem), mas mais importante, em "método de tamanho" escolha "redimensionar". / p>
O que provavelmente está acontecendo é que a imagem com amostragem reduzida tem muito mais cores e informações, porque é a antialização da imagem para dar uma aparência mais suave.