O empilhamento das cotas ao redor do caminho parece funcionar:
ntdsutil "activate instance ntds" "ifm" "create full """C:\temp dir\NTDS"""" "quit" "quit"
Assim como o escape dessas citações com uma barra invertida:
ntdsutil "activate instance ntds" "ifm" "create full \"C:\temp dir\NTDS\"" "quit" "quit"